癌対策では、癌医療に携わる医療従事者の研修事業（2億円）、女性特有の癌検診推進事業（76億円）、癌医療の地域連携強化事業費（2.8億円）などを新設。癌専門医臨床研修モデル事業、癌検診受診率向上企業連携推進事業は増額する。
肝炎対策費236億円のうち、肝炎治療促進のための環境整備として180億円を計上した。これまでインターフェロン治療のみだった医療費助成の対象に、核酸アナログ製剤治療を追加し、自己負担を原則1万円（世帯当たりの市町村民税の年額が23万5000円以上の人は2万円）に引き下げる。また過去のインターフェロン治療で医療費助成を受けた人でも、医学的条件に合致すれば、2回目の医療費助成制度の利用を認める。
新型インフルエンザ対策費は19.4%減の116億円。新型インフルエンザ患者を一般医療機関でも受け入れられるよう、新型インフルエンザ患者入院医療機関施設・設備整備事業、感染症外来協力医療機関設備整備事業の費用を計上した。新型インフルエンザ患者を受け入れる医療機関で必要となる人工呼吸器や空気清浄機などの設備費用への補助は継続する。また、生活習慣病対策費が25.4%減の44億円となったほか、移植対策費はあっせん業務従事者を増員するとして人件費を増額し、7.7%増の28億円を計上した。
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